중학생으로 평화로운 나날을 보내던 쿠도 타이키는 어느날 샤우트몬의 메세지와 함께 알 수 없는 신비의 아이템을 얻게 된다. 그 이아템은 크로스로더! 바로 디지몬에게 힘을 부여하는 디지바이스이다. 타이키는 그 크로스로더를 사용할 수 있는 선택받은 자가 된 것이다. 타이키와 친구들은 힘을 모아 디지털월드로 향한다. 그리고 그들은 그곳에서 디지털월드의 운명이 걸린 크로스워즈에 임하게 된다.